اعتقل لأول مرة بتاريخ 31 يناير 1978 على يد جهازالمخابرات الآردنية  عندما حاول تجاوز الحدود الأردنية الإسرائيلية في مزج مع عضوين آخرين في جبهة التحرير الفلسطينية و في نيتهم اختطاف حافلة إسرائيلية على الطريق الواصلة بين بيسان وطبريا  ومطالبة إطلاق صراح سجناء لبنانيين مقابل المسافرين. قضى القنطار  11 شهرا في السجن الأردني، ثم أفرج عنه في 25 ديسمبر 1978 بشرط أنه لن يدخل الأردن ثانية.

في 22 أبريل 1979 تسلل  القنطار مع عبد المجيد أصلان،مهنا المؤيد،أحمد الآبرص، من أفراد جبهة التحرير الفلسطينية، إلى إسرائيل عن طريق البحر بقارب مطاطي. عند وصولهم لمدينة نهاريا  الإسرائيلية، أطلقوا النار على سيارة شرطة وقتلوا شرطيا إسرائيليا. ثم اقتحموا منزل عائلة هاران واختطفوا طفلة وأبيها بينما اختبأت الأم، سمادار هاران، مع طفلتها الأخرى وجارة للعائلة. أخذت المجموعة بقيادة القنطار الأب وابنته إلى شاطئ البحر حيث وجدتهم الشرطة الإسرائيلية. عندما بدأ تبادل إطلاق النار بين الشرطيين وأفراد المجموعة، قام القنطار بقتل المخطوفين قبلما قبضت الشرطة الإسرائيلية عليه. كذلك قتل شرطي إسرائيلي في تبادل إطلاق النار. و في بيت العائلة ماتت الطفلة الأخرى اختناقا عندما حاولت الأم إسكاتها خشية من اكتشاف المخبأ.

قتل أصلان والمؤيد من نيران الشرطيين الإسرائيليين، بينما اعتقلت الشرطة الاسرائيلية القنطاروالأبرص. في 28 يناير 1980 حكمت المحكمة الإسرائيلية علىسمير القنطار بخمس مؤبدات مضافا إليها 47 عام (إذ اعتبرته مسؤولا عن موت 5 أشخاص وعن إصابة آخرين). كان سمي القنطار يتواجد قبل ان يفرج عنه في سجن هداريم  الإسرائيلي. وتم إطلاق سراح الأبرص في 21 مايو 1985 في إطار صفقة تبادل الأسرى بين إسرائيل ومنظمة الجبهة الشعبيةلتحرير فلسطين-القيادة العامة.

ترفض إسرائيل الإفراج عن القنطار وتربط الإفراج عنه بالحصول على معلومات عن الطيار الاسرائيلي رون أراد الذي أسقطت طائرته فوق لبنان في عام 1986.

ضنن مكوثه في السجن الإسرائيلي سـُجل القنطار  كطالب في الجامعة المفتوحة الإسرائيلية بتل أبيب والتي تستخدم طريقة التعليم من بعيد. في سبتمبر 1998 منحت الجامعة المفتوحة للقنطار درجة الباكلوريوس في الأدبيات والعلوم الاجتماعية^]

في 8 يوليو 2005 نشرت صحيفة معاريف الإسرائيلية مقابلة مع  سمير القنطار باللغة العبرية.في المقابلة التي أجرتها الصحافية الإسرائيلية حين كوتس-بار قال القنطار أن محاميه نقل إليه اقتراحا ليرشح نفسهللبرلمان اللبناني. رفض القنطار  كشف العنصر السياسي الذي بادر الاقتراح ولكنه قال إنه لا يستطيع الخدمة كعضو برلمان من السجن الإسرائيلي ولا يريد استغلال عنائه كي يكسب مقعدا في البرلمان البناني. كذلك قال إنه يتابع الأحداث في لبنان بواسطة الراديو والتلفزيون وعبر عن أمله أن تتحول المجتمع اللبناني إلى مجتمع علمانية غير طائفية

واليوم16 في شهر يوليوز 2008 يطلق سراح البطل وتبتدأ قصة مقاوم بدأ من جديد بعد ان قضى زهاء 30 عاما في سجون الاحتلال

.وستظل كلماته تصم أذان الجميع  التي القاه بسبب اطلاق سراحة كلمة يسجلها التاريخ بمداد من ذهب فعلاوة على

انها كانت قمة في الصمود والاباء والدقة كانت تهز اركان من يظن انه هذه الامة بدون ابطال ينظفون ساحاتها فقد قال

لقد خرجت من فلسطين الى لبنان لآعود لفلسطين مرة أخرى

هكذا يكون الرجال هامات منتصبة لا تلين ولا تستكين وتظل واقفة في وجه كل ما قد يكسر شوكة صمودها لازال الرجل يريد الجهتد وقال لقد جئت الى هنا ليس للكلام وانما للعمل

فلا نامت اعين الجبناء وبارك الله في ابناء من طينة القنطار.

قولوا آمين